工業局指出，製造業五年免稅方案一旦完成立法，已申請新興重要策略性產業五年免稅的業者，將可轉為適用製造業五年免稅，擴大業者享有的免稅範圍。 工業局官員表示，凡今年內已向工業局申請適用新興重要策略性產業，但尚未取得國稅局核發免稅證明書者，都可以放棄原來的申請免稅案，而改適用製造業五年免稅方案。 工業局指出，新興重要策略性產業五年免稅規定，和製造業五年免稅方案不同的地方，除了申請門檻較高外，免稅範圍也較小。適用新興重要策略性產業五年免稅方案的業者，必須屬於政府認定的新興重要策略性產業，且依產業不同，投資額須達1,500萬元或700萬元; 製造業五年免稅案，則是所有製造業及相關技術服務業都適用，而且投資額門檻只有500萬元。 免稅範圍部分，新興重要策略性產業，只有屬於新興重要策略性產業的投資項目所產生的所得，才可以適用免繳營利事業所得稅，但製造業五年免稅方案則不限投資項目，只要符合上述門檻，所有公司的所得都可以免繳營利事業所得稅，免稅範圍比新興重要策略性產業大很多。 工業局表示，由於製造業五年免稅方案較新興重要策略性產業五年免稅方案有利，因此，工業局預期所有今年內申請新興重要策略性產業的案件，只要還沒向國稅局申請免稅證明書者，都會轉申請製造業五年免稅方案。工業局已訂好相關作業要點，等業者上門申請。 工業局指出，如果廠商選擇適用新興重要策略性產業的租稅優惠項目是股東投資抵減，則因有一經擇定不得更改的附帶規定，就不能轉適用製造業五年免稅的方案。不過，由於股東投資抵減的抵減率今年已降至9%，大部分廠商都申請較為有利的五年免稅案，不可以轉申請適用製造業五年免稅案的業者並不多。