經濟部工業局主導的南港軟體園區二期工程，目前在政府六年國家發展計畫的積極推動下，除原規劃的資訊軟體研發區外，因應兩兆雙星產業發展計畫，更規畫「生物科技」、「IC設計」及「數位內容」等專區。 負責投資興建的世正開發總經理王明德表示，南港軟體園區緣起於政府推動高科技產業政策成果，二期園區更積極配合政府政策，爭取國家資源，希望在群聚單一產業的上下游外，跨產業的結合亦將在南港軟體園區產生新的火花，突破傳統科學園區僅提供廠房承租的觀念，帶領國內工業區發展邁入高科技專業園區的新紀元。 南港軟體園區內的生物科技專區，已洽由行政院生物技術產業指導小組確認整體規劃方向，在六年國發計畫的引導下，將成為台灣與國際生技產業交流櫥窗及營運平台。該區已由經建會洽請中美基金購置一半面積，未來將有許多研發機構進駐，包括有政府研發單位及各相關行政機關，如生技中心的產業策進處 Bio Fronts 計畫及綜合研究實驗室，此外，中央研究院也將設立微陣列實驗室、基因體資訊實驗室、高速篩選設施及實驗室等。另配合政府積極推動半導體產業，南港軟體園區二期亦爭取到IC設計專區設置，未來將成立研發單晶片系統(SOC)及相關軟體的南港軟體設計研發中心，並將全力配合晶片系統國家型科技計畫之推動。 而配合數位內容產業推動，南港軟體園區亦將在數位內容專區中引入數位內容學院，培訓產業人才機構，建立國際建教合作機制。依經濟部工業局規劃，數位內容學院包括教學中心、國際合作中心、育成中心、視聽中心、驗證及檢定中心等。 世正開發更為配合六年國發計畫之時程規劃，提前將南港軟體園區二期工程於明年 3 月完工，落實並協助重點產業發展。