「國家科技保護法」草案擬將管制對象，擴大至政府出資或民間自有的高科技技術，經濟部技術處負責的科技專案，每年編列百餘億元預算補助業界、學界及研究單位開發高科技，恐將受到直接衝擊。 而目前執行經濟部科專的研究單位多達數十個，如何依照「台灣地區特定高科技人員進入大陸地區任職許可辦法」的修法方向，管制在研究單位擔任技術職務者前往大陸，也是執法上一大難題。由於上述兩項法案影響層面極廣，已引起各界高度矚目。 「科技專案」始於民國 68 年，歷年來，為提昇我國產業結構升級，貢獻良多；政府為主導技術層次較高的研發工作，包括應用研究開發、關鍵性技術與零組件開發等，而開始由經濟部編列預算，委託所屬財團法人研究機構從事產業技術的專案研究開發計畫。 民國87年4月，政府通過「科技化國家推動方案」，整合各方面資源，以具體的措施、分工及時程，逐步推動我國邁向科技化國家之路。民國88年元月通過立法，正式公告實施「科學技術基本法」，奠定我國以研發為本的產業科技政策基礎。 經濟部官員指出，綜合上述法規及方案、第六次全國科技技術會議產、官、學、研代表研議所得共識的結論及去年 5 月又通過的「國家科學技術發展計畫」，均確立推動「產業科技研究發展專案計畫」，為經濟部最重要工作之一。 科技專案對我國產業發展，發揮了正面的助益。例如，促成知識密集型產業的發展、提升研究機構研發能力、加強創新前瞻研發、促成產業科技創造、流通與加值、強化國內產業技術競爭優勢、帶動產業界投入研發，提升產業研發能力及開創新興科技產業等。經濟部指出，根據現今產業界需求及國家發展需要，科技專案定位已修正為開發創新前瞻技術，以協助建立新興產業及領導型產業；開發關鍵性技術與關鍵性零組件，以加速傳統產業升級；建構產業發展所需的檢測驗證基礎設施。 為達到上述目標，科技專案的執行策略也改為配合產業發展程度，慎選投入的技術、經費與措施；持續運用科技專案計畫，帶動產業技術研發；加強創新前瞻技術的取得與運用；強化產業技術的研發國際化；加強技術研發至產業形成機制方的建立；強化技術研發基本環境的建立。 經濟部技術處處長黃重球曾指出，科專的執行，要運用策略分析，必須常常思考與什麼樣的外國廠商及技術合作，對我國產業最有利，或與我國產業具有互補效果，有些外商雖然不是大型企業，但手上握有一些技術，是我國能夠運用的，也應該爭取來台。藉此發揮槓桿原理，引進我國產業欠缺的技術，而不是盲目的招商。 目前科技專案的運作，是根據產業政策的需要，由研究機構執行，再將成果移轉業界，也因此扶植了台灣廣大中小企業的技術升級能力。科技專案創造了台灣產業活力，包括新加坡、日本等鄰近國家對於我國科技專案的運作及成效，都甚感興趣，希望引進此一制度，政府高層如因與大陸處於敵對關係，而管制科技專案技術擴散及高科技人才流動，恐將造成更大的負面影響。