如果世界衛生組織（WHO）要求疫苗製造商開始製造預防H1N1新流感的疫苗，可能有風險，因為製造商一次只能大量製造季節性流感疫苗或大流行流感疫苗其中一種。萬一新流感沒有大流行，可能導致季節性流感疫苗短缺。 製造疫苗需要幾個月時間，而且不可能半途改變生產項目。美國的準備可能比其他國家充分，美國官員說，為明年準備的季節性流感疫苗的生產進度超前，幾乎已完成，其他國家的情況則不清楚。 全球約七成疫苗在歐洲製造，WHO正在調查全球還有多少劑季節性流感疫苗的存貨，再決定是否要求疫苗製造商開始製造H1N1新流感疫苗。 WHO疫苗研究計畫主任瑪莉．基尼說：「這是重大決定，過去我們從未做過。」 她說，這個決定好比是猜測全球未來最需要哪一種疫苗，WHO先計算現有的季節性流感疫苗存貨，以避免賭注過大。 疫苗製造商可以製造有限量的季節性流感疫苗和新流感疫苗，但不是同時製造，而且無法大量製造兩種疫苗，這將超出產能。一般流感每年在全球造成25萬至50萬人喪生，而目前除了墨西哥外，其他國家的新流感病例病情多半不嚴重，若新流感狀況持續如此，許多人可能不需注射疫苗。 南半球國家的情況更複雜，因為南半球才剛進入一般流感季，又碰到新流感來襲。