民國八十七年精省後，中興新村的發展方向，中央、省與南投縣政府一直未取得共識，南投縣政府仍希望朝生物科技園區、大學城與藝術文化特區三大主題機能進行規畫，能否如願，縣府表示會努力與中央、省府溝通協調。 中興新村的未來，中央目前正由內政部主導規畫中，前內政部長余政憲任內，曾就此一議題，與南投縣長林宗男廣泛交換意見，余政憲應允考慮南投縣政府的構想，也會尊重地方意見，但現在內政部長易人，縣府表示會充分向新部長表達縣府的意向。 縣府指出，因中央、省府的立場角度不同，規畫構想迴異，內政部希望引進會議功能、保留行政機能、及確保花園都市型態，建議研訂開發管制與彈性開發機制，並以會議休閒中心、花園都市社區、知識及生技研發、行政園區、藝術文化園區為整合方案。省政府則著重現有設施與原有人文風貌保存，同時建議以博物館群及國際會議中心為發展主軸。 縣府認為，內政部「開發」與省政府「保存」的構想，事實上並未改變將中興新村視為「特定區」的做法。林宗男認為，南投有豐富的農特產，提供生物科技園區相當好的發展條件，大學城方面中興大學有意進駐，也可以提供生物科技園區技術開發、技援，加上中興新村既有人文薈萃的藝文發展條件，不僅具備發展的可能性，也符合地方居民發展條件。 林宗男認為，如何將中興新村在空間向度上予以解嚴，使其在生活、生產與生態上與南投縣重新縫合，是縣府相當重要的思考方向，南投縣府希望透過中興新村都市計畫通盤檢討，使公有土地再利用能有效落實，吸引產業界與大學進駐，提供中興新村再發展的可能。