99學年度大學繁星計畫預計招收2000人，台灣大學也要加碼招生，從98年的招收101人，增為150人，台大各系組都加入繁星招生，連台大醫學系也首度表達「摘星」意願，初步規畫招收五名，但如何訂定篩選機制還在費思量。 99年繁星計畫招生辦法，在原有的繁星精神「高中均質」、「區域均衡」之外，新增強調「大學社會責任」的理念，台大醫學系首度表示願意配合教育部政策，提供五個名額給繁星計畫入學，但校內認為恐引發爭議，還需要進一步研商更嚴謹的招生方式。 台大註冊組主任洪泰雄表示，大學推甄時，即使學測滿級分的考生也進不了醫學系窄門，繁星計畫先比在校成績、再進行學測成績比序，只比成績，沒有第二道篩選門檻；他預料，申請台大醫學系的高中生一定都是校排第一名、學測考75級分，全台至少有數十名高中生達此標準，依照繁星計畫招生辦法，分發比序相同時，就要增額錄取，這在實際操作上很困難。 因此，洪泰雄表示，台大醫學系要加入繁星招生，還需要在法規上尋找解套。台大醫學系主任黃天祥出國，無法聯繫上，但醫學系辦證實，被分配到五個繁星名額。