法務部長由律師王清峰接掌，未能從檢察體制內產生，基層檢察官出現失望的聲音，由於法務部長對檢察業務僅有業務督導權，並沒有檢察指揮的權力，王清峰未來如何與檢察總長陳聰明「配合」，成為外界觀察的重要指標。 此外，王清峰上任法務部長後，因檢察首長出現的職缺，即將面臨檢察首長的大調動，以及短短2年，主管監所業務的矯正體系，人才留不住的嚴重問題。據了解，已有好幾位典獄長的向施茂林部長請辭，堅持要辦理退休。 首先，29名待決死刑犯的問題，有待新部長令准槍決執行、最高檢察署特偵組偵辦中的特別費案，後續如何處理、不適任檢察官的淘汰問題等都是；特別的是，王清峰未來如何與檢察總長陳聰明，在業務監督與指揮之間進行磨合，成為觀察的重要指標，由於檢察總長有任期保障，曾經擔任319真調會召集人的王清峰，如何期待特偵組去發現真實，政治上的壓力不小。 據了解，由於台南高分檢檢察長楊森土退休，原法務部常次朱楠調升最高檢察署主任檢察官、法務部檢察司長江惠民改調高雄高分檢主任檢察官和高檢署主任檢察官謝劍秋退休，連帶牽動檢察首長的異動，都是王清峰的第一道考題。