三合一選舉民進黨慘敗，內閣改組已勢在必行，來自行政院的消息指出，民進黨為不打亂2008接班布局，行政院長謝長廷應可暫時獲留任，內閣首長將進行局部改組。 不過，一位黨政高層官員認為，民進黨只獲得六席縣市長席位，行政院及民進黨中央氣壓低迷，檢討聲浪高漲，除民進黨主席蘇貞昌去職，為敗選負起政治責任外，外界也高度關注謝長廷的動向，因為民進黨大敗，檢討聲浪已指向高捷弊案及政績輔選效果不彰，這兩項因素都可能導致謝揆下台。 黨政高層昨（3）日分析，目前最可能在內閣改組中遭到撤換的首長，包括金管會主委龔照勝、交通部長林陵三及教育部長杜正勝等。 其次，由於陳水扁總統已直言「二次金改若做不好，統統下台」，而行政院副院長吳榮義、經建會主委胡勝正及財政部長林全，都是二次金改的執行者，因此，若內閣改組是依陳總統的目標進行，財經內閣變動的幅度可能不小。